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São vários os protocolos utilizados para a indução da ovulação para fertilização. Todos eles visam a obtenção de 4 a 10 óvulos por ovário para serem fertilizados. No protocolo longo inicia-se uma medicação. O análogo do género GnRH agonista por volta de dez dias antes da  menstruação que visa bloquear o comando hormonal ovariano prevenindo uma ovulação prematura de folículos durante a indução. Este medicamento é administrado por via nasal ou subcutânea. Nos primeiros dias dias de menstruação é feita uma ultra-senografia aonde é controlada a espessura do endométrio, da cavidade uterina e dos ovários descartanto a presença de quistos. Se tudo estiver correcto, para além do análogo inicia-se uma aplicação sub-cutânea do hormonio FSH.

Esse hormonio facilita o crescimento do folículos nos ovários, a dose estabelecida para cada paciente será ajustada nos controlos sucessivos. Ao fim de 4 a 6 dias de estimulação é feito um novo controlo ultra-sonográfico para controlar o número e o tamanho dos folículos e a qualidade do endométrio. A cada dois ou três dias é realizado um novo exame ultra-sonográfico e quando três folículos alcançarem o tamanho mínimo de 18 milimetros é desencadeada a ovulação com o hormonio hCG.

Os óvulos que estão dentro dos folículos começam a amadurecer e a retirada dos óvulos é feita 35 a 36 horas depois. Após a punção é administrado um suplemento diário hormonal de progesterona vaginal. Dois ou três dias depois da punção é feita a transferência de embriões e duas semanas mais tarde é feito o teste de gravidez.

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